ابوریحان بیرونی درباره علت نابینایی ابوبکر رازی میگوید: «آنچه از احوال او بر من (بیرونی) معلوم شده این است که چون به کیمیا اشتغال ورزیده، چشمان خود در معرض آفات آن گذاشت. [ممارست با آتش و شدت بویهای تند، چشم او را به بیماریای دچار کرد که او را ناچار به درمان کرد و همین حال او را به اشتغال به پزشکی کشاند] اشتغال او به پزشکی و سپس فراسوی آن دیگر دانشها، سخت او را به مطالعه پیوسته و پیگیر کشاند، چنانکه مثلا چراغ خود را در چراغدانی بر روی دیوار مینهاد، کتاب خود را بر آن دیوار تکیه میداد و به خواندن میپرداخت تا اگر خواب او دریابد، کتاب از دستش بیفتد و بیدار شود و به مطالعه خود ادامه دهد. همین امر چشم او را نیز معیوب ساخت و نیز چون به خوردن باقلی حریص بود، چشم خود را بدان زیان میرسانید، سرانجام کار او به کوری کشیده شد و در پایان عمر چشمانش آب آورد».
معترض میگوید: « جهل مذهبی پهنایی به درازای تاریخ دارد. زکریای رازی در اواخر عمر بهعلت اعتقاداتش در دادگاههای مذهبی بارها محاکمه شد. اما ناراحتکننده است که بدانید در این محاکمهها آنقدر کتابهایش بر سرش کوبیده شد که بینایی خود را از دست داد و نابینا از دنیا رفت! میگویند شاگردانش به او گفتند حکیم شما بدتر از این را معالجه نمودی، پس چرا خود را معالجه نمیکنی. حکیم در جواب گفت: بینا شوم که چه چیز را ببینم، سیاهی جهل، قدرت فاسد و روزگار بد و سخت مردمان را؟ گمان کنم همان کور باشم کمتر زجر میکشم!»
در باطل و دروغ بودن این داستان شکی نیست، چون مورخان و تذکرهنویسان این پزشک نامآور مسلمان ، به محاکمه اعتقادی و مذهبی ابوبکر محمدبنزکریای رازی هیچ اشارهای نکردهاند.
ابنجلجل اندلسی میگوید: «وعمی فِی آخر زمانه بماء نزل عَلَى عینیه فقیل لَهُ لو قدحت فقال لا، قَد نظرت إلی الدنیا حَتَّى مللت، لَمْ یسمح لعینیه بالقدح؛ در آخر عمر چشمش آب آورد و نابینا شد، به او گفته شد: [چشمانت را] میل بزن! گفت: نه، چندان به این جهان نگاه کردهام که خسته شدهام و هرگز چشمانش را میل نزد (برای مداوا اقدام نکرد.)»
ابن ندیم و دیگر مؤرخان میگویند: «چون زیاد باقلا (باقلی) میخورد، رطوبتی در دیدگانش پیدا شد که منجر به کوری او در اواخر عمر شد.» علامه ابنخلکان در کتاب «وفیات الأعیان» از قول ابنجلجل اندلسی -در تاریخش- مینویسد: «رازی برای منصور [بن نوح سامانی] کتابی در اثبات صنعت کیمیا تألیف کرد و آن کتاب را برداشت از بغداد به نزد آن پادشاه رفت و کتاب را به او تقدیم کرد.
پادشاه آن کتاب را بزرگ شمرد و رازی را بر تألیف آن ستایش کرد و ۱۰۰۰ دینار طلا به او داد و به وی گفت: میخواهم آنچه را که در این کتاب نوشتهای به مرحله عمل درآوری! رازی به او گفت: این کار هزینه بسیاری در بر دارد و به فراهمساختن ابزار و داروها نیاز دارد و مراحل سخت و فراوانی باید انجام داد تا بتوان آن را به عرصه ظهور و عمل درآورد. منصور به او گفت: هرچه دارو و ابزار و وسایل لازم کار صنعت باشد، دستور میدهم همه را فراهم کنند تا تو با آرامش کار خود را به سرانجام رسانی. چون که همه چیز فراهم آوردند، رازی مشغول به کار شد، اما هر اندازه تلاش کردد راه بهجایی نبرد و از این کار عاجز ماند.
منصور به او گفت: من گمان نمیکردم مردی دانشمند و حکیم چند دروغی را در کتابی نوشته و آن را حکمت نام نهد و دلهای مردم را به آن مشغول نماید و آنان را بیهوده به مشقت اندازد. آنگاه منصور به او گفت: چون تو در نوشتن این کتاب سختی کشیدی و به نزد ما آمدی و مشقت راه را بر خویشتن هموار نمودی ما نیز هزار دینار طلا به سبب این رنجی که متحمل شدی به تو بخشیدیم، اما اکنون باید تو را برای نوشتن و نشر دروغ مجازات کنیم. پس شلاق را بر سر او نشانیدند و دستور داد کتاب (صنعت کیمیا) را بر سر او بکوبند تا اینکه آن تکه و پاره شد و توشه سفر او را مهیا کرد و او را راهی بغداد نمود. همین زدن (کتاب بر سر او) موجب شد تا چشمانش آب آورد و اجازه نداد چشمانش را میل زنند و گفت: دنیا را دیدهام». همین مطلب را نیز علامه صفدی به اختصار در کتاب «الوافی بالوفیات» بازگو کرده است.