طی حکمی از سوی حجتالاسلام والمسلمین محسنی اژهای، محمدباقر الفت به عنوان مشاور عالی و دستیار ویژه رئیس قوه قضاییه منصوب شد.
الفت پیش از این، متصدی مسئولیتهایی همچون معاونت منابع انسانی و امور فرهنگی قوه قضاییه و معاونت اجتماعی و پیشگیری از وقوع جرم قوه قضاییه بود.